怀孕39天做B超一般是可以看到孕囊的，但由于每个女性的月经规律不同，也有可能会看不到孕囊，需要进行具体的分析。
一般来说，怀孕39天，指的是从末次月经算起的第39天，如果女性的月经周期比较规律，排卵的时间也正常，那么，按照孕囊的正常发育规律来说，在30到35天左右经阴道超声就可以看得到孕囊。
但是如果女性月经周期紊乱，出现排卵期推后的情况，极有可能导致受孕时间较晚，如果受孕较晚，孕囊发育比较慢，此时孕囊还没有长到B超能够查看到的大小，此种情况可以过一个星期之后再去医院复查。此外，如果月经不规律，还需要考虑只是月经推迟，并没有怀孕，需要抽血化验hcg来进行确诊。
建议女性及时去医院妇产科就诊，明确诊断。
